明天启六年（1626年）二月，一支船队沿着一般商船惯走的航道从台湾海峡进入料罗湾，穿过浯屿，来到九龙江出海口，紧接着掉头东进，直奔中左所。船一靠码头，忽然间枪炮齐鸣，跳出一伙手持大刀长枪的汉子，有的跳帮到停泊在港口中的官军的船上，有的直奔岸边的兵营哨所，有的把守通往所城的道路，顷刻间便控制了局面。都司洪先春以为像平时对付小股海盗一样，只要带上几艘船露露脸，毛贼们就会逃之夭夭。没想到这伙海盗的船比官军的船更大、更高、更牢固，而且还配备有火炮。两下一接触，官军便大败而逃。这伙人随即进驻中左所。清道光《厦门志》称，这伙人在金门、厦门“树旗招兵，旬日之间从者数千。勒富民助饷，谓之报水。”

        所谓“报水”，清道光《厦门志》语焉不详。计六奇所著《明季北略》有更详细的说明：闽、浙沿海渔民素以海上贸易获利，海盗则事先隐匿海岛“为巢穴，伪立头目，刊成印票，以船之大小，为输银之多寡，或五十两，或三十两、二十两不等。或未发给票，谓之‘报水’；货卖完纳银，谓之‘交票’，毫厘不少，时日不爽。”“报水”“交票”的通行，说明这伙人已经不是一般的打杀劫掠的海盗，而是通过掌控制海权牟取暴利的海上武装集团。

        这伙人的头目叫郑芝龙。随后，郑芝龙又率部劫掠漳浦旧镇及广东沿海，镇守官军望风披靡。

        郑芝龙，原名郑一官，南安石井人。明万历四十年（1612年），18岁的郑一官去澳门，帮助舅舅黄程打点生意。在澳门，郑一官成为天主教徒，并取了个洋名“尼古拉? 一官”他还学会了葡萄牙语，懂得了如何同外国人打交道。随后，因为生意关系，郑一官到了日本平户。明天启三年（1623年），郑一官在平户娶了田川翌皇（中国名翁翌皇）的养女田川氏。翌年，田川氏为他生下一子，取名郑森。在平户期间，郑一官加入了以颜思齐为首的武装团伙。

        颜思齐，字振泉，福建海澄人，因与乡里富户争执犯下命案逃至海外，后从商，或从事海上贩运，或明火执仗进行打劫。天启四年，颜思齐等人策划在平户发起暴动，因消息泄露，逃至台湾笨港（今云林县北港镇）安营扎寨。在此期间，大概是受团伙派遣，郑芝龙一度混入荷兰东印度公司驻澎湖的船队中任通事即翻译。翌年，颜思齐病死，郑一官被推为首领。这一团伙共有十八人，以“芝”字为首字取名，郑一官名芝龙，其余依次为虎、豹、鹏、鹤、凤、彪、麒、豸、獬、鹄、鹗、熊、蛟、蟒、鸾等，号称“十八芝”。之后，便大肆买船买炮，招兵买马，势力迅速扩大，逐渐成为海上一霸。当时的台湾人烟稀少，经济十分落后，无法养活郑芝龙的江湖豪杰。于是，郑芝龙开始把眼光盯住福建东南沿海。

        占领中左所之后，郑芝龙这个名字便与他的装备有夷人大炮的夹板船一起，令沿海军民闻之色变。

        据江日升所著《台湾外史》称：时任泉州府知府蔡继善多年前曾被小一官用石块击中官帽，依律当斩，但蔡继善看小一官相貌俊异，似有无量前途，便不忍心责罚，反倒赏给一些小钱，勉励他力图上进。蔡继善听说郑芝龙就是当年石击纱帽的少年，感叹万分，便向上峰禀报了当年之事。福建巡抚朱一冯得知后，起了招抚之意，遂委任蔡继善为泉州巡海道，前去与郑芝龙接洽。郑芝龙竟然被说服，将不愿接受招抚的弟兄遣散，带着几艘船驶入泉州港接受招安。

        未几，官府下令郑芝龙将所率人员、兵器、船只造册上报，听候安插。芝虎、芝豹劝告郑芝龙：虎不可失威，人不可失势。官府如此安排，不过是为了拆散党羽，党羽一散，就任人宰割了。郑芝龙先前接受招抚，多少有点碍于蔡继善面子。到泉州港之后，招抚前风风火火、威风八面的气势烟消雾散，日子变得冷冷清清，已颇感不习惯。经芝龙、芝虎一提醒，顿时省悟。三人将一应装备收拾好，当晚三更，趁着潮水扬帆而去。

明天启六年（1626年）五月，福建巡抚朱一冯命游击卢毓英率兵剿灭郑芝龙。卢毓英也不把郑芝龙当回事，率领船队便直奔中左所。

        郑芝龙早就安排好耳目打探官军的动静，并事先安排郑芝虎、郑芝豹等人假扮商船，分散停泊在岛美、浯屿、东椗等港口。双方在漳浦旧镇海湾一开仗，官军的船只便只有被围、挨打的份，卢毓英也被活捉。

        也许，郑芝龙从一开始担任首领就萌生了 “若要官，杀人放火受招安”的中国绿林好汉传统的观念；也许，郑芝龙从来没有和明朝廷决一死战的想法。他和和气气地善待卢毓英，说明前次受招安又出走的缘故，言谈中还流露出只要朝廷妥善安排就愿意就抚的意思。他好好地款待卢毓英之后，便带领船队驶离中左所，游荡在旧镇一带海域。卢毓英把郑芝龙擒而不杀且仍然有意就抚的情况向总兵俞咨皋做了汇报。俞咨皋不为所动，并将败军之将关到牢狱中。

        巡抚朱一冯责备俞咨皋：卢毓英固然有战败之罪，但俞总兵置身战局之外，难道没有“坐视”之责？

        俞咨皋乃抗倭名将俞大猷之子，素负盛名，怎容得如此指责。当即下令所部千户冯胜、百户杨世爵进剿郑芝龙。六月，郑芝龙与明军展开海战，明军冯胜、杨世爵坠海身亡。九月，俞咨皋派副总兵陈希范再次出兵，又损兵折将，把总洪应斗、张选举命丧黄泉。俞咨皋此时才觉得郑芝龙确实不好对付，连忙调集沿海各卫所兵马，进驻中左所，准备展开大规模围剿。

        十月，双方在将军澳（今漳浦县将军屿海域）展开激战。郑芝龙船队从旧镇港向东攻击俞咨皋的船队。对峙中，郑芝豹的船队突然从东椗岛杀到，与郑芝龙形成东西夹攻之势。俞咨皋命游击商世禄掉转船头分兵抗击郑芝豹，其余战船误以为官军败退，也跟着撤退。俞咨皋的船队一时阵脚大乱，仓皇向月港败退，郑芝龙则在后面紧追不舍。傍晚时分，俞咨皋退至海门岛，郑芝龙则停泊在浯屿。第二天，郑芝龙率船队攻打中左所。明军指挥传珪率部稍一接触，便溃不成军。退守中左所所城的俞咨皋当天夜里弃城而逃，守城官兵开城求降，郑芝龙遂据有中左所。在中左所，郑芝龙表现出与一般海盗不同的个性。时任同安县令曹履泰称：“今龙之为贼，又与禄异。假仁假义，所到地方，但令报水，而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”

        中左所失守使福建地方官员大为震惊。但官军连战连败，再也无力征剿。明崇祯元年（1628年），新任福建巡抚熊文灿重启招抚谈判，从狱中请出卢毓英，请他去同郑芝龙商洽招抚之事。

        明崇祯元年（1628年）七月，郑芝龙与福建巡抚熊文灿达成协议：郑芝龙官授海防游击之职，船队收编为朝廷的水师。郑芝龙也信誓旦旦地答应：上任后一定为朝廷效力，将福建海域的海盗全部扫清。