明崇祯十七年（1644年）三月十八日，李自成大军攻入北京城，明思宗朱由检吊死在北京煤山上。随后，清军大举入关，明王朝进入多王争位、偏居一隅的南明王朝阶段。继福王、潞王立朝失败，清顺治二年润六月十五日，郑芝龙、黄道周等人在福州拥立唐王朱聿键为帝，改元隆武。郑氏家族因拥立有功，个个封官赏爵：郑芝龙封为平夷侯，郑鸿逵封为定国侯，郑芝豹封为澄济伯，郑彩封为永胜伯。时南明王朝丧兵失土，郑氏家族的水师成为唯一稍具规模的军队，时论称“八闽以郑氏为长城”。郑芝龙带着22岁的儿子郑森觐见隆武帝，隆武帝为了笼络郑芝龙，赐郑森姓朱、名成功，封为御营中军都督，仪同驸马，也就是享受皇帝女婿的待遇。从此，郑森便以朱成功、郑成功、国姓爷等名称驰骋山海，成就了一段流传至今的历史。

        清顺治三年六月，清兵南下钱塘江，郑芝龙率部撤回安平。八月，清兵攻占福州，随即以闽广总督之职诱降郑芝龙。郑芝龙舍不得抛弃五百余所庄园，遂决定投靠清朝。

        十一月，郑芝龙到福州，三天后被挟持至北京。动身前，郑芝龙提醒清军征南大将军博洛贝勒：入京面见皇上乃我所愿，但家族中尚有人拥兵海上，倘有不测将何以应对？后人据此推测，郑鸿逵、郑成功等人未随郑芝龙降清乃郑芝龙为了牵制清廷所做的安排。但此时的爱新觉罗王朝正处于鼎盛之初，非穷途末日的朱明王朝可比。博洛淡然答道：此事与你无关，也不在我的考虑范围。郑芝龙入京后，被编入镶黄旗，封精奇尼哈番即子爵。

        十一月，屯驻金门的郑成功得知南明隆武帝身亡，并得知郑芝龙被挟持入京，郑成功赶回安平，与路振飞、曾樱、万年英等人起兵誓师，称“明招讨大将军罪臣国姓”，随即南下广东南澳岛招兵买马。

        顺治四年（1647年）二月，清将韩固山攻打安平镇，郑芝豹、郑芝鹏率家眷携家财遁走海上，郑成功生母田川氏不肯随船队撤退，清军到达时剖腹自杀。正在南澳岛招兵的郑成功闻讯，率部杀回安平。清军见郑成功来势汹汹，连忙缩回泉州。郑成功追至泉州城外，但无力克城，几天后不得不退至安平，后又退到九龙江出海口一带海域。

        顺治四年春，郑成功的船队停泊在鼓浪屿海面上。此时的郑成功可谓困难重重：安平的老根据地随时都可能遭到清军铁蹄的践踏，郑芝龙长期经营的海商船队处于群龙无首的状态，嘉禾屿早就是郑彩、郑联的老巢，附近的金门被郑成功的叔叔郑鸿逵控制，中左所以北的舟山、南日、海坛，以南的铜山、南澳等岛屿都已被拥戴鲁王的南明遗臣旧将占据。郑成功暂时借以停泊的鼓浪屿方圆不过三四里，稀稀拉拉几户住民，根本不具备养兵供饷的能力。

        就在他靠泊鼓浪屿之时，两艘原先属于郑芝龙家族的商船恰好经过鼓浪屿附近海面，正为军饷无着而发愁的郑成功下令接管这两艘商船。商船主管根本不把二十岁刚出头的郑成功放在眼里，他明知郑成功的生母已亡，另一主母颜氏在叔叔郑芝豹船队中，却故意问道：没有主母命令，如何交接？郑成功大怒，拔剑将那主管刺死。商船上的其他人看势头不好，服服帖帖地把商船交了出来。至此，郑成功开始正式掌管郑芝龙留下的产业。

        清顺治四年八月，郑成功会同郑鸿逵攻打泉州，连月未克。九月，驻漳州清军发兵增援泉州，郑成功率部退到九龙江出海口一带海域。

        清顺治五年闰三月，郑成功攻占同安，于轮山筑寨守卫。之后，郑成功派邱缙等三将留守同安，自率水师南下东山。

        郑成功南下东山之后，在海上得知朱由榔于半年前在广东肇庆被拥立为帝，建元永历，不禁大喜。如果拥立永历帝，郑成功的水师从此便师出有名，但肇庆离福建沿海路途遥远，书信往来少说也得三四十天，永历小朝廷对福建的事完全是鞭长莫及，郑成功则可以天马行空，独往独来。《台湾外史》记载，得知此事后，“成功加额曰：吾有君矣！遂设香案望南而拜，尊其朔号，即修表遣原隆武中书舍人江于灿、黄志高二人，从海道入广称贺，并条陈时事。”

        七月，清将佟国器、陈锦、李率泰率兵围攻同安，八月二十六日城陷，清军屠城四日，兵民死难五万余。明末清初闽南流传的民谚“同安血流沟”不幸成为现实。惨案过后，僧无为率徒集尸万余具焚葬于轮山左，后立碑曰“同归所”。

十月，南明永历帝派人带着诏书随江于灿、黄志高抵达郑成功军中，晋封郑成功为威远侯。

        据郑成功的户科官员杨英所撰《先王实录》，郑成功奉永历皇帝为正朔之后，摇身变为南明朝廷的官军、官兵，以“奉旨专征”“抚顺剿逆”的名义，在漳州、粤东一带府县收取粮饷，称为正供、乐输。此时的郑成功，征粮筹饷已经名正言顺，实力日渐壮大，相继攻克了广东沿海的揭阳、潮州等地。南明永历三年（清顺治六年即1649年）七月，南明小朝廷晋封郑成功为漳国公。此时的郑成功急需寻找一个进可攻、退可守且足够驻扎他的数千人的水师的地方。郑芝鹏建议攻占郑彩、郑联盘踞的中左所，郑成功同意了。

        清顺治七年八月，郑彩率主力船队外出，郑联留守嘉禾屿。郑成功的船队悄悄地进驻浯屿、大担一带海域，并派出骁勇战将，把船只扮作商船、渔船，靠泊在岛美、崎尾、水仙宫、白石头等码头。

        八月十五日夜，郑成功坐镇的帅船驶入厦门港。据探子禀报：郑联此时正在万石岩大宴宾客。第二天上午，郑成功到万石岩拜会郑联时，郑联犹宿酒未醒。两人见面，郑成功以“屡败之将”自称。郑联原本就视郑成功为乳臭之辈，见郑成功言语如此谦恭，更是毫无戒心。郑联留郑成功小饮，二人尽欢而散。八月十七日，郑成功在虎坑岩设宴回请郑联，郑联欣然前往，入夜才掌灯而归。路过半山塘时，郑成功的部将杜辉突然杀出，将郑联刺死。至今万石岩半山塘尚有“郑成功杀正联处”遗址。郑成功得知郑联已死，当即在虎坑岩顶放炮，随后率兵进驻中左所城，乔装隐蔽在各港湾的船只听到号炮立即行动，迅速控制住郑联部将的船只。郑成功一边捶胸顿足，下令捉拿刺杀郑联的凶手；一边派兵保护郑彩、郑联的住宅，不许一兵一卒擅入。

        郑彩、郑联的部将见郑彩远出、郑联已死，郑成功又承诺任用如故，率兵船来归者给予升迁，纷纷归顺。郑成功派人带着亲笔信去见郑彩，折箭为誓，请其率水师回归。郑彩前思后想：自己年老气衰，郑姓子弟中唯有郑成功堪担大任。便将所率水师带回中左所，交付郑成功。郑成功大喜，亦善待郑彩，两人相安无事。至此，郑成功完全控制了中左所。郑彩交出兵权后，终日在海岸街边上的国公府（今国公府巷）饮酒作乐，后卒于岛上。